ZERO こんにちは!
おそらくSpineの設定の中で非選択スケルトンの減光
を有効にされているかと思いますが、このオプションが有効になっていると、選択していないスケルトンのボーンが、添付いただいた画像のように半透明で表示されるようになります。
ご説明いただいた内容からすると、元々このオプションをどこかのタイミングで有効にされていて、stretchymanを同じプロジェクト内にインポートしたことで、1つのプロジェクト内に複数のスケルトンが存在する状態になり、選択されていないスケルトンのボーンが半透明で表示されるようになっているのだと思います。
そのため、このオプションを無効に切り替えていただければ元の表示に戻るはずです。
(なお、デフォルトでは無効です)
もし非選択スケルトンの減光
が無効になっていても問題が解決しないようでしたらお知らせください!